Ifコマンドと変数による分岐を使いましょう。
ヘルプを見れば詳しい事は書かれていますので、そちらを参照して下さい。
とりあえず、具体例を挙げておきます。

### 此処から
スタート:
# 〜省略〜
Set ステージ進行度 0
Exit
全滅 敵:
If ステージ進行度 = 0 Then
  # 〜省略〜
  Incr ステージ進行度
Else
  Continue <次ステージ>
EndIf
Exit
### 此処まで

以上です。これはIfと変数によるステージ分岐の基本ですので、
確実に使える様にしておきましょう。